V případě, že kaz dosáhl až do zubní dřeně (nervu) a ten je nevratně poškozen, je nutno ošetřit kořenové kanálky (endodontické ošetření). 

Postižení zubní dřeně je často bolestivé a stává se důvodem k akutní návštěvě stomatologa. Naší snahou je zbavit zub bakteriální infekce. Ošetření kořenových kanálků spočívá v jejich důkladném pročištění a rozšíření s výplachy desinfekčních roztoků a jejich následném hermetickém zaplnění.

Toto ošetření je na několik fází, kanálky měříme elektronickým apexometrem (Raypex), rozšiřujeme a opracováváme NiTi rotačními a oscilačními nástroji, plníme termokondenzační technikou. Kanálek zbavený infekce se následně zaplní přístrojem BeeFill nebo laterální kondenzací. V naší praxi pracujeme vždy s kofferdamem. Takto ošetřený kanálek zabrání průniku bakterií ze zubu do kosti a vzniku zánětu v kosti v oblasti špičky kořene (lidově váčku pod zubem). Po endodontickém ošetření kořenových kanálků je většinou nutné zub následně ošetřit onlejí nebo korunkou a zabránit tak možné fraktuře a ztrátě zubu.